Cortot no solamente fue un excelente director de este músico alemán, sino que también era capaz de tocar en el piano todas sus óperas. En París dirigió ?El Ocaso de los Dioses? y ?Tristán e Isolda?.

Hizo su debut en los Conciertos Colonne de 1897, tocando el Concierto para piano n° 3 de Beethoven. Entre 1898 y 1901 fue correpetidor de un coro, y, luego, director asistente en el Festival de Bayreuth, y en 1902 dirigió el primer estreno en Francia (París) de El ocaso de los dioses de Wagner. Formó una sociedad de conciertos para presentar Parsifal de Wagner, la Missa solemnis de Beethoven, Un Réquiem alemán de Brahms, la Légende de Sainte Elizabeth de Liszt, y otros estrenos de compositores franceses. En 1905, Cortot formó un trío con Jacques Thibaud y Pablo Casals, un trío de música de cámara que se convirtió rápidamente en uno de los tríos con piano más importante de su tiempo, permaneciendo juntos hasta el inicio de la Segunda Guerra Mundial. Además de su carrera como interprete, Cortot emprende una carrera como enseñante. En 1907 es nombrado profesor del Conservatorio de París (enseñó hasta 1923), siendo un excelente pedagogo, como muestra los excelentes alumnos que tuvo, como Clara Haskil, Dinu Lipatti, Vlado Perlemuter, e incluso a Marguerite Monnot (compositora francesa de muchas de las mejores canciones de Édith Piaf y del musical Irma la douce).

Alfred Cortot da su último concierto público en el Festival de Prades en compañía de Pablo Casals en 1958. En Japón, una isla costera lleva el nombre de Cortot, testimonio de la profunda admiración que suscita el pianista francés en el todo el mundo.

En 1943 Alfred Cortot fundó la Sociedad de Música de Cámara de los Conciertos del Conservatorio de París. Sin embargo, su admiración por la cultura alemana le sirvió enfermo cuando Alemania ocupó Francia entre 1940 a 1944, y se apareció a cooperar con ellos de buena gana. Esto le llevó a ser rechazado después de la Segunda Guerra Mundial tanto en Francia como en otros lugares.