1. Rampa de vida
La primera galería de exposición introduce tanto los conceptos fundamentales como el enfoque del diseño del museo. Es sendero y exposición al mismo tiempo. Los visitantes son iniciados en el proyecto de Ciencias Naturales ? nuestros esfuerzos por entender la Vida ? y son introducidos a la gloriosa riqueza y belleza de la Vida en Panamá

2. Panamarama
Al final de la Rampa de vida hay un pasadizo acústico que bloquea la luz y desemboca en un espacio de proyección de tres pisos de alto con 14 pantallas. Los visitantes caminan sobre un piso de vidrio y quedan inmersos en una presentación audiovisual de las maravillas naturales de Panamá, desde la profundidad de sus océanos hasta sus bosques nubosos.

3. Construyendo el puente
Después de haber experimentado la presentación animada de la formación del Puente de vida como una experiencia visual, la pregunta sigue siendo, ?¿cómo sucedió todo esto?? La galería Construyendo el puente muestra una expresión tangible y vigorosa de las fuerzas dentro de la Tierra que se unieron para producir la formación del Istmo.

4. El gran intercambio
Al salir de la escultura tectónica, la galería se abre dramáticamente para revelar una estampida de esculturas de animales de todas las formas y tamaños, que corren hacia y en dirección opuesta al punto de vista de los visitantes. Arriba en lo más alto, las aves vuelan alrededor de un tragaluz ocular, mientras que las curvas panorámicas de las paredes están cubiertas de mosaicos de plantas e insectos. Este es El gran intercambio biótico.

5. La huella humana
A medida que los visitantes salen de El gran intercambio, abandonan el clima controlado del interior y descienden a un gran recinto semi-exterior lleno de columnas iluminadas. Este espacio cumple dos funciones. Es un espacio social, un área de desahogo del museo donde los visitantes pueden relajarse, esperar a sus compañeros y reunirse como grupos. Los grupos escolares se formarán aquí y las demostraciones serán presentadas en el centro de este espacio. Su otra función es la de exhibir la fascinante historia conformada por capas de capas de presencia humana en el Istmo.

6. Océanos divididos
El surgimiento del istmo tiene una historia terrestre ?presentado en El gran intercambio? y una historia acuática ? la separación del Pacífico del Caribe. La forma y organización de la galería acuario Océanos divididos es una expresión de esta división.

7. Hall de la interdependencia 
Formas que se enrollan y se doblan, ligeramente familiares pero a una escala enorme, se extienden hasta los últimos rincones de la galería Océanos divididos. Esta es la introducción de los visitantes a Hall de la Interdependencia, una galería donde la pirámide de vida está invertida y los humanos están en el fondo.

8. Panamá es el museo
Panamá es el museo insta a los visitantes del museo a explorar la relación entre Panamá y el mundo, utilizando información interactiva, reacciones en vivo y conexiones con ambientes virtuales y físicos.

Su diseño es obra de la reconocida paisajista norteamericana Edwina von Gal.

El parque botánico se construirá sobre dos hectáreas de espacio público, será una prolongación viviente del museo. Contará con un hermoso oasis, una variedad de 287 especies de plantas nativas panameñas, árboles, arbustos y cubresuelos. Será el lugar ideal para apreciar la naturaleza, la combinación perfecta entre un típico parque urbano y bosques naturales.

A lo largo del parque existirán ocho estaciones, representando ocho distintos conceptos:

- simbiosis
- etnobotánica
- co-evolución
- morfología
- supervivencia
- conductismo
- hábitat
- conservación del agua

Habrán guías docentes encargados de narrar como cada uno de estos conceptos está relacionado con nuestras vidas.